自分はApple関連のデバイスを全くといっていいほど使ったことが無いため、まともな回答にはなって無いのですが(汗)。

てっきりiPhoneアプリはFlashでの開発が出来ないものとばかり思っていましたが、調べなおしてみると最近になって(現状では)OKになったという事を今さらながら知り、少し驚いています(気づくのが遅すぎですね、苦笑)。

　・iOSの規約変更でFlash CS5のPackager for iPhoneがOKに! 雑感 | ClockMaker Blog

　・FlashでのiPhoneアプリ開発が、ソーシャルアプリに与える影響について - 30分で学ぶ「mixiアプリ for touch」（スマートフォン版mixiアプリ）の作り方

iPod touch での動作については、Adobe Labs 内、Packager for iPhone のページで Product Details にあるFAQを見ると「iPhoneOSバージョン3.0以降がのるデバイスなら動くはずです」といった感じなのでしょうか。なので、その条件を満たす iPod touch なら大丈夫かもしれません。iPhoneOSバージョン4での動作など、もっと調べる必要があるかもしれないと感じました。

　・iOSの規制緩和とPackager for iPhone の開発再開 - ミッションたぶんPossible

開発にあたって気をつける事については、次の情報はどうでしょうか。

　・Adobe Flash Platform * iPhone アプリケーションのデザイン上の考慮事項

Packager for iPhone は、まだまだ始まったばかりのようなので回答がつきづらいのかもしれませんが、実際にあーだこーだ試してみるのが一番てっとり早いのかもしれませんね。こういう手探り状態の時がイチバン辛くイチバン楽しかったりもします。

全然関係ないですが、Packager for iPhone はAIRアプリをネイティブコードへ変換している感じなんですね。Flex環境でも使えるといいなと思いました。

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- だんだんAS3に慣れてきた“なんちゃって”AMES使いの日曜プログラマー