getChildByNameを使ってアクセスする方法でやってみました。

-------------------------------------ソースここから

var sp001:Sprite = new Sprite;
addChild(sp001);


//////////////////////////////シェイプを作成

for (var i:int = 0; i<3; i++) {
var sh001:Shape = new Shape();
sh001.graphics.beginFill(0xffff00);
sh001.graphics.drawCircle(0,0,50);
sh001.graphics.endFill();
sh001.x=100*i;
sh001.name = "maru"+i;
sp001.addChild(sh001);
}


//////////////////////////////////////////////////動き
addEventListener( Event.ENTER_FRAME, this.loop3D );////////毎フレームレンダリング開始
function loop3D( event:Event ):void {
sp001.getChildByName("maru0").y=mouseY;
}