野中さん、返信ありがとうございます！

どうしても、「mc001.h001[1].y = mouseY;」のように記述したかったのは、以下のソースの様に配列を作成した後、さらにその要素の中に配列を作成し、その後アクセスをしたかった為です。

以下の様に要素の中に配列を作成すると、同じ名前の要素（h001[i]）が作られるので、それらを「一つ一つ別々に動かしたい」となった時、「h002[1].h001[3].y = mouseY;」の様な形が必要になりました。

なんとか動かすことができました！


------------------------------------------ソースここから
var h002:Array = new Array(9);
for (var j:int = 0; j<10; j++) {
h002[j]= new MovieClip();
h002[j].y=j*100;
addChild(h002[j]);
h002[j].h001 = new Array(9);
for (var i:int = 0; i<10; i++) {
h002[j].h001[i] = new Shape();
h002[j].h001[i].graphics.beginFill(0xffff00);
h002[j].h001[i].graphics.drawCircle(0,0,50);
h002[j].h001[i].graphics.endFill();
h002[j].h001[i].x = i*100;
h002[j].addChild(h002[j].h001[i]);
}
}



//////////////////////////////////////////////////動き
this.addEventListener( Event.ENTER_FRAME, this.loop3D );////////毎フレームレンダリング開始
function loop3D( event:Event ):void {
h002[1].h001[1].y=mouseY;
}