ありがとうございます！！！
ついに復号化に成功しました。

ご指摘頂いた
「本当は読み込んだデータ長をきちんと変換する必要があるのでしょうけど…」
の箇所については下記のように変更しました。
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byte[] buf = new byte[inFile.available()];

inFile.read(buf);
byte encrypted[] = cipher.doFinal(buf);
fos.write(encrypted, 0, encrypted.length);
---------------------------------------------------
今回の原因としては下記のような認識でよろしいのでしょうか？
「DES形式で暗号化されたデータ長は必ず8の倍数となるはずだが、
　それを暗号化される前のサイズ長を用いて書き出していた。
　その為復号時に8の倍数ではないからエラーとなっていた。」

本当にありがとうございました。
ActionScriptに慣れていないことに加え、暗号化についても
理解できていなかった為にご迷惑をおかけしました。

あつかましいお願いですが、もしまだ何かご指摘やアドバイスを頂けるようでしたら、
是非お願い致します。