keikaneki さんと同じ状況で困っている方がいらっしゃいました。
【[Flashcoders] Export hidden layers turning itself off】

結論から言うと、Fireworks と連携するとチェックが外れるとの事です。
実際試してみましたが、確かにチェックが外れました。
※ Fireworks CS3 で作成した png ファイルを「読み込み」→「ステージに読み込み」をしただけ

keikaneki さんは Fireworks はお使いでしょうか？