var maintimeline:DisplayObject=stage.getChildAt(0);
のmaintimelineはStageオブジェクトの１つめの子で、つまりメインのタイムラインです。
Sub.swfはmaintimelineの子です。

たとえば、複数のSWFファイルをロードして追加するたびに、
trace(DisplayObjectContainer(maintimeline).numChildren);
で子の数を出力すると、子の数が増えていきます。

またメインのタイムラインでmc1というname変数を持つMovieClipオブジェクトを表示リストに追加しておくと、
trace(DisplayObjectContainer(maintimeline).getChildByName("mc1").name)
というコードで、mc1のnameを出力することができます。
mc1もメインのタイムラインの子です。
つまりSub.swfとmc1は兄弟の関係にあります。

Flash PlayerがSWFを格納する空間には、
まずStageがあり、その下にメインのタイムライン（メインクラス）があり、その下にこのSub.swfやmc1があります。

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永井勝則：
himco.jp :