皆さん回答ありがとうございます！
私のほうでも色々と調べてみたのですが
同じ結論にたどり着きました。

Flashからフォーカスを外すと直るというのに気づいたので
javaでむりやり
getURL("java script:window.blur();");
getURL("java script:window.focus();");
としてできたので
ご報告に来たのですが

すでに解決済みでしたね

色々と勉強になりました。
ありがとうございました！