一応、自己解決したので報告致します。
以下のような流れで正常にAIRファイルが書き出せるようになりました。アプリケーション記述ファイル名前空間の宣言は、やはりそのままで問題なかったようです。エラー表示の内容自体がバグだったようです。

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1) Ｆｌａｓｈを再インストールして再アップデート　＞　解決せず

2) CS3 を全てアンインストール

3) WindowsCleanUpツールをインストール

4) Adobe CS3 CleanUpツールを起動して全ての関連ファイルを削除

5) CS3 を再インストール + アップデート >　そのままでは解決せず

6) ＰＣを再起動して、ファイアウォールを全てOFFにして
再度アップデートをかける。


● 正常にAIRファイルが書き出せるようになりました。

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環境：

WindowsXP Adobe Flash CS3



ご助言ありがとうございました！