Keitaさん、どうもです。

問題なのは、MX形式で保存されたファイルを保存する際に、
「このファイルはFlashMXまたはそれより古い形式からMX2004形式に変換されます。変換すると、以前のバージョンのFlashでは開くことができなくなります。このファイルを古い形式で保存するには、[名前を付けて保存]コマンドを選択します。」
というダイアログが出る・・・ということなんです。

例えばIllsutrator10でもで9形式のファイルを保存しようとすると、アラートは出ますが、それを確認してクリックだけでいいんですが、MX2004では、

・「保存」を選択。
・ダイアログ（上記で説明したもの）をキャンセル。
・「名前を付けて保存」を選択。
・保存ダイアログの形式を「Flash MXドキュメント」に切り替え。
（デフォルトがMX2004なので）
・保存ボタンを押す。

という手順を毎回踏むことになる、ということなんです。
つまりMX2004が勝手にバージョンを変えようとするんです

ちなみに問題のダイアログは環境設定で出なくできるんですが、
そうすると勝手にMX2004形式になります。

引用：
という状況になります・・・