うーん馴れの問題でしょうけど、私はダイアログ出てくるのは苦にならないです。
苦にならないと言うか出てくれる方がありがたいです。

個人的な理由ですが、上位互換や下位互換に関して"上位→下位→上位"や"下位→上位→下位"の作業の流れでも絶対に問題ないとマクロメディアが保証してくれない限りは、過去にDTP系グラフィックソフトやCADソフトの上位互換や下位互換からくる問題に泣かされてきた身からすると、確認なしにバージョン違いに保存される可能性があるほうが怖い、
というのが正直な感想です。