時間が経っていますが、私もかなりこの問題でひっかかりました。

var stream_ns = new NetStream(connection_nc);

stream_ns.onStatus = function(infoObject) {
　code = infoObject.code;
};

this.onEnterFrame = function() {
　if ( code =="NetStream.Play.Stop"){
　　gotoAndStop(飛ばしたい場所);
　}
};

こんな感じでFLVプログレッシブ再生の終了時の動作を制御できます。とはいえプログレッシブの場合は、このinfoObjectが上手く帰ってこない感じがします（受け損なうというか）。Streamingと違って相互に情報伝達をしていないからだとは思うんですが、いろいろ試してみて下さい。