はじめまして。

SOAP+FlashRemotingという選択肢もあるんですが、ややこしくなるのでここでは避けるとして厳密な検収は行ってないですが僕の感覚ですと

・セキュリティ
平分なら仰るとおりバイナリデータであるFlashRemoting接続のほうがSOAPよりも「若干」破られにくいとは思います。とはいえ小学生に読まれたくない文章を平仮名で書くか漢字で書くか程度の違いです。
どちらもhttpsを使えるのでセキュリティの強度を比較する場合ではそんなに大差が無いとは思います。

・処理速度
SOAPが遅いというより、SOAPプロトコルがXMLである以上データや処理はどうしても冗長になってしまうのは確かにそうかも。
ただFlashRemotingで扱うAMFバイナリも内部ではSOAP準拠なので、FlashPlayr内部のパーサーがこけてたら処理速度はどっこいどっこいかも知れないです（検証なし）。

・お金
パッケージ代だけを考えればFlashRemotingは確かに…
ちなみに僕はSOAP＋Flashという案件を抱えてた当事一番不安だったのがFlashでSOAPラッパーを作るとこだったんですが、FlashRemotingの存在を知って「これで10万円分は楽できる！」と思ってSOAP＋FlashRemoting＋Flashに走ったクチです。
本当に楽できたかは内緒ですが…まぁ、いいと思いますよ、うん…
規模にもよりますし既に自社開発かフリーのSOAPラッパーがあるのであれば大丈夫だと思いますが（MX2004だとあるのかな？？）そうでないなら単純にSOAPプロトコル準拠のパーサーを自前で作る費用も結構かかると思いますよ。