根本的な疑問ですが、
なぜFlaのライブラリから素材を削除したいのでしょうか？

書き出し時には、タイムライン上の処理が
ASもレイヤーも含め「実際にムービーで使用されている要素のみ」
すべて一定のコンパイラでSWFに処理されるから、
ライブラリに使ってない素材が入ってても
SWFには影響しませんよ？

余談ですが、
そういう意味だと実は、ASで書いてもタイムラインで書いても
同じ動きのSWFは、同じ書き出し容量になります。
ASで書くと容量が節約される、と誤解してる人多いけど…。
ASで書いた場合に容量が小さくなるのはFlaであり、
swfでは無いです。