引用：
具体的に何をどうされたのか、説明されなければ、
どこが間違っているのか、指摘しづらいと思いますが。


また、次の点についても、具体的にされた方が良いでしょう。
引用：
1. サーバに上げての確認なのかどうか。
2. ウィンドウが切り替わった際、表示されているのは、html か swf か。
3. 左上が合わないというのは、どのくらいズレているのか。

引用：
「F-site | レイヤーを使用したFull Flash」
の記事内にある「まずは下記URLをご覧ください。」のリンク先は、
正常に機能していますか？ 左上がズレてはいませんか？

もし、正常に機能しているのであれば、
導入したとおっしゃっているものが正しく設置されていないのでしょう。

----------------
質問する際は、回答者に具体的な情報を与えてください。