[註2]はその通りなんですが、[註1]は微妙にこのような感じです。
引用：
[クラス定義]
Testクラスを定義するということは、Testフォルダーを作りその中にprototypeフォルダーを作りそして、
その中にファイルprotoPropやinstancePropを作ることになります。

../Test/prototype/protoProp
../Test/prototype/instanceProp
（等々）

[インスタンス化]
そして、それのインスタンス"this"を作った時は"this"フォルダーが作られ、
その下に../Test/prototypeフォルダーのショートカットが作られます。

../this/prototype
そして、そのショートカットは__proto__とリネームされます。
../this/__proto__

引用：
これはおっしゃる通りですね。
../this/instanceProp2
../this/__proto__/
（等々）

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- yo