「動作がおかしく」なったら、Flashを落として、問題のファイルを削除すれば大丈夫です。アプリケーションのFirst Runフォルダ階層下にClassesの原本があって、存在しないファイルや古いファイルは、Flashを起動したときFirst Runからコピーされて復帰できます。

逆にいえば、First Runの原本の方は、いじらないことをお勧めします。Classesフォルダの名前も中身も(当然)まったく同じなので、くれぐれも間違えないように。
引用：

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