単純に行数だけなら、if文を3000行ぐらい並べてみましたが、ちゃんと最後まで動きました。

ですが、コンボボックスに対して何かをしようとしているのであれば、さらにそのコンボボックス内でも何かの処理を行なうために処理が重くなってしまっているのではないでしょうか？

そもそも2000行ものスクリプトは多すぎますね。動かない原因が、もしどこかにバグが隠れているためだったとしても、そこを見つけ出すのは人間として大変ですよね。
同じような処理を繰り返している部分があるはずですから、ループ処理で対応するなど方法を考え直したほうがいいように思います。
もし、処理回数に問題があるのならば、処理回数を減らすなどして対策を考えることも試行錯誤しやすくなりますし。

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森　巧尚
http://www.ymori.com