一般には、スクリプトトゥイーンは、swfのファイルサイズを押さえることはできるが若干低速、フレームトゥイーンはswfのファイルサイズは大きくなるが、若干高速と言われています。
フレームトゥイーンはswfにはコマアニメとして記録され、スクリプトトゥイーンは実行時に描画内容が計算されるというのがその理由です。
ただ、マシンパワーにもよりますが、ほとんど気にするほどの差ではないと思います。