今までの手法のほうが正しいなんじゃないですか？

個別のMCにいちいちスクリプト書いても動作しますが
それはforループを列挙して実行するようなもんです。

今回は単に進行するだけなんだから
画面全体にマウスイベントをしかけるとか（ムービープレーヤーのように）

あるいはマウスイベントを動的に割り当てるとか
（役者は脚本や監督が変わっても演技はできる。）

あるいはライブラリーに親MCや祖父MCを操作するようなものを作って
それぞれに配置するとか（役者に脚本もたせるように）

そういう方法を検討したほうがいいと思います。
いずれにせよ
大規模改修はせずに現在のものからFlash固有のくせを読み取って
自分の得意なパターンでコンテンツをつくるのがベターではないかと．．．

シェイプアニメーションとパラメーターを連動させるとかというのでなければ
１フレームで何でもやるかFlash4以前の手法にしたほうがいいんじゃないかと思うんですけれどもね、

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