MovieClip.stop()メソッドは、再生ヘッドの進行を止めます。しかし、スクリーンの再描画(描画の更新)を停止する訳ではありません(モーショントゥイーンを作成したMovieClipが配置されていれば、アニメーションは行われるはずです)。

また、ifステートメント自体は、elseがないかぎり、偽の場合には何の処理も行いません。
引用：
MovieClip.onEnterFrameイベントハンドラメソッドか、onClipEvent (enterFrame)イベントハンドラアクションについては、お調べになりましたか?

参考:「ムービークリップの途中から再生」
Flash ActionScript Helper「ムービークリップのイベントハンドラ」

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