ノート中の「スクリプトで設定したプロパティやメソッド」というのは、MovieClipインスタンスにはもともと設定されておらず、スクリプトで定義して初めて存在するようになるものを意味しています。具体的には、ユーザー定義変数とユーザー定義関数、イベントハンドラメソッドを想定しています。
引用：
スクリプトで設定するまでもなく自動的に備わる定義済みのプロパティについては、後の箇所でつぎのように述べています。

「MovieClip.loadMovieで外部ファイルを読込む」より引用：
ロード後も値が保持されるプロパティには、MovieClip._xscale/MovieClip._yscaleのほかにも、MovieClip._rotationやMovieClip._alphaなどがあります。

これらの仕様については、おそらく明記されたドキュメントはないように思われます。その点からいえば、後のバージョンで変更されるおそれがないとはいいきれません。しかし、ユーザーに混乱を生むでしょうから、一応動作は変わらずに維持されるものと予想します。
引用：

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