たまたまflv関連のスレッドがあって、ちょうどその時自分がつまってて質問し、
当方の詳しい事情説明もせずにすみません。

■（結論として）質問当初のflvのキューポイントで制御から外部xmlで制御に■
元々が現在swfでやっているPIPのムービーをflv化して、使いやすく（作りやすく）
出来ないか？というものだったのです。
（現状、土台のプレイヤーswfから、個別の章ごとの外部swfを読み込んで再生。
映像、音声、デロップやイラストは各章のswf上のタイムラインで作成する）

コンポーネントを使わなかった理由として、一つが完全オリジナルなデザインにしたいという事と、
機能（ボタン等）も「早送り」「巻き戻し」「chapter（章）送り」「chapter（章）戻し」
「再生」「停止」顧客によっては「再生/停止」「シークバーで位置自由指定」
などを使いたいが為に1から作成したものです。

で、タイムラインでやってたタイミング調整をキューポイントを取得して、
そのタイミングに合わせてテロップを切り替えたりすれば、タイムライン上で
調整するより手間が掛からなくていいかな？と思ったのが始まりでした。

ただ、動画エンコードは外部にお願いしてるのと、flv作成時点ではまだ
正式な絵コンテも出来てなく単純に章で区切るだけなので、書き出し時にキューポイントの
埋め込みは難しい状況なのです。

また、後でタイミングの修正が入るケースや、一部のアニメーションの修正があった場合、
外部xmlで時間指定してあれば、それを書き換えるだけで済むので
（PIPのオーサリング自体も外で行う場合があるので）
汎用性を考えたらやはりキューポイント埋め込みより目で見える外部xml化かなあ…と。

なので質問した当初の仕様から変わってxmlで制御するようなもの（コンポーネントとして
販売されてる物に近い物）を作成する事になりました。
（テストで外部xmlのパラメータ変更で中のmcのサイズ、表示テキスト変更などが出来たので）


■flvでやった部分としてのフィードバック■
埋め込み自体は、専用のソフトウェア（http://buraks.com/captionate/）を購入し、一度書き出したflvに追加で
埋め込めることを確認しました。ミリセカンド単位で書き込めるのでかなり細かいタイミングで取れるかと思います。
またそのflvに埋め込んだデータをプレイヤーswf上で取得（infoObjectで）する処まで出来ました。
・キューポイントの名前
・↑のキューポイント内で付けたパラメータ名と値（複数可？）
・キューポイントの時間
・キューポイントの種類（イベントorナビゲーション）
後はそのキューポイントの時間に合わせて（トリガさせて）各種アニメーションを同期させれば完成予定だったのですが…何かの参考になれば幸いです。

永井様のpdfは拝見させて頂きました。ありがとうございます。
VideoPlayer.cuePoint…キューポイントに到達したときに通知されます。
埋め込んでおけば、やはりそれに合わせて他の動作は出来そうですね…


また疑問点などありましたらお尋ねする事もあるかと思いますので宜しくお願いします。