実際試したわけではないですが、
FLVのエンコーディング時にキューポイント情報を埋め込んだ方が
ActionScriptでキューポイントを設定するよりも精度は高いそうです（Flashヘルプより）。
引用：
キューポイント情報をFLAファイル内に”ハードコーディング”する方法
（つまりエンコーディング時に埋め込まない方法）は、
”埋め込む方法ほど精度が高くない”という意味で、
外部ファイルから読み込む方法と、精度の点で違いがないように想像します。

VideoPlayerクラスを説明した英語のPDFファイルがあって、
http://www.himco.jp/
の翻訳記事No47にそれを訳したSWFがあります。
Macromediaはこのクラスの直接的な使用を推奨しない旨の記述が
どこかにあったような記憶があるのですが、
そのわりにこのファイルの記述は懇切丁寧です。
”軽い”ビデオプレイヤーが作れます。
ご参考まで。

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永井勝則：
himco.jp :