連携や関連付けの意味がよくわかりませんが
イラストレーターからFlashに読み込む際の不具合についてのスレッドを以前に立てたことがあります。
読み込む図形が複雑なほど正しく読み込んでくれなくなってしまいます
曲線が崩れたりマスクが正しく反映されなかったり。
こればっかりは仕様として諦めるしかないと思ってます。

ただ、私の場合は崩れて表示された場合は読み込みし直してもまた崩れてしまうのでオプションのスムーズで補正しています。
場合によってはもっと崩れてしまうんですけどね

.aiで正しく読み込めない場合はイラストレーター上でswfに出力してから、それを読み込んでみてください。