２つのファイルというのは、Flash MXをインストールしたフォルダ下（C:\Program Files\Macromedia\Flash MX 2004\ja\First Run\Classes）の
1)System/security.as
2)aso/System.security.aso
でしょうか？

Systemフォルダの中にsecurity.asはありますが、aso/System.security.asoというファイルが存在しません。
asoというフォルダが存在するはずなのでしょうか？

security.asファイルのみ別フォルダへ移動してパブリッシュしても結果は同じでした。