引用：
flashのポップアップなのでしょうか？
もし、flashのポップアップであれば、
それは、ポップアップに見せているということですね？
それは、ポップアップに見せる表現ということになりますから、
具体的に参考になるようなサイトがあるのであれば、
それを提示された方がよろしいかと思います。

それとも、ブラウザのウィンドウのポップアップなのでしょうか？
「ある固定されたサイズで新規ウィンドウを開いて、
そのウィンドウを閉じるボタンをflashで」というこでしょうか？

そうであるならば、ブラウザ側でJavaScriptでポップアップさせています。
「geturlでリンク先のウィンドウサイズを指定する」などが参考になるでしょう。

さらに、このフォーラムの検索を使って
「小窓を開く」「POPUP window」などで検索してみるとよいでしょう。