MovieClip.dupulicateMovieClip()メソッドは、ターゲットのインスタンスと同階層つまりその親の直下に(いわば兄弟として)作成されます。ですから、あるMovieClipインスタンス内のMovieClipを別のタイムライン上に複製することは、外部SWFに関係なくできないと思います。

「メインswf上に既にあるmc」も、別のMovieClip内に複製することはできないですよね?

もし、上述のような問題でなく、同じタイムライン上にも複製ができないということでしたら、ターゲットパスを確認された方がよいでしょう。
引用：
異なったタイムラインにインスタンスを作成したい場合には、MovieClip.attachMovie()メソッドを使うしかないと思われます。

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