以前、MX2004で「保存して最適化」をしたところ、なぜかflaファイルが壊れたことがあります。
拡張子は.flaとなっているのですが、開かなくなりました。
なので、以前と同じように「名前をつけて保存」で別フォルダに保存したほうがサイズダウンには安全のように思います。
そして、念のため、サイズダウンは最後の最後にしたほうがいいかもしれないです。
作業中にflaファイルが壊れるのは切ないですから…