.swfファイルの方を拝見させて頂いたのですが、常に「ガクガクとコマ送りになる」のかと想像していたのですが、ストレスを感じるようなコマ送りもカクカク感もありませんでした（恐らく私の方がスペックが低い環境かと思われます）。
雲が少し鈍く動いている、と言われればそうだと言えるような気もしますが、この部分が気になる、という事でしょうか？
Flashデータが開けなかったのでそちらは拝見していないのですが、あるいは画像がかなり重いのかと想像もしています。