主たるレスではないのですが
根本的な問題として
「子Windowの表示」
はなくなる方向なのではないでしょうか。

ポップアップのあるサイトには二度といかないという人もいます。

パーツであるFlashなりJacvascriptはあくまでパーツで
ページ内で完結するなりフレームやページのナビゲーション補助から外れるというのは
アプリケーションから見ても都合が悪いと思います。

「子Windowの表示」をFlash内で完結できないのであれば
それはＩＥやモジラのバグではなくて仕様であり
どうしても開きたいというのは目的が既に誤っているというように感じます。

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