midorooさん、こんにちは。
考え方としては：
1）あるHTMLファイルから別のHTMLファイルにリンクする
2）あるswfを任意のフレームから開始する
という2点に、動作をわけたほうがよいと思います。
で、1）については問題ないとします。
2）については、どうでしょう。
あるswfを任意のフレームからスタートすることはできますか？
また開始フレームを変数として設定することは問題ないですか？
とりあえず、方法としては
a）任意のフレームから開始するswfファイルを作る
b）swfのうめこまれたHTMLファイルにflashvarsパラメーターで、開始フレームを変数として設定する
c）HTMLファイルのタグ内のswfムービー名のあとに「?変数名＝値」のかたちで変数を設定する
あたりが考えられます。

あとは、「任意のフレーム」というのが、常に同じフレームを指すのか、ランダムなのか、条件によって決定されるのか、更に、そのswfはいつも任意のフレームから始まるのか、他のリンク先からとんできた時は違うのか、などで方法も微妙に変わってきたりします。
そのあたりは、midorooさんがわからないと思っている点や、想定している動作などをより具体的に示して頂ければ、より適切な回答が得られるかと思います。