こんにちは(*^-^*)

私も、以前Flash＋javaで業務アプリケーションの管理画面を作成していました。

作り方はやはり様々だと思いますが、ここでは私の設計をば。

まず、コアswfから各個別機能swfをロードするのは普通にloadMovieにしました。
起動時にログイン画面を表示するようにしてDBの情報で認証します。
ログインしないと、各個別機能swfは絶対にロードされない仕様にしておきます。
またログインユーザには権限を持たせておいて、各個別機能swfアクセス時にその権限情報を変数等でもたせておきます。
こうすることにより、各個別機能swfを単体で起動させようとしても権限情報が無いので処理が走りません。(不正アクセス防止)

次に、各個別機能swfの処理は殆どをasファイルでクラス単位に外部ファイル化してしまいます。
これにより、各処理を部品化できてメンテナンス製の向上になります。

そして、サーバへのアクセス情報やサーバ側のjavaに関する情報などは別途プロパティファイルに纏めました。

私の場合、特に気をつけたのはセキュリティ面とメンテナンス性です。
また、Flashの性質から画面遷移のナビゲート等、各ユーザインタフェイスの操作性にも気を使いました。

beiowolfさんが他言語の経験がおありになるのでしたら、同じように考えていくと(例えばjavaのフレームワークのように)結構スムーズに出来たりすると思います。

こんなので参考になりましたでしょうか？(^-^;)