はじめまして。

Microphone.activityLevelの値はNetStreamやMovieClipに割り当てていない場合は常に「-1」になります。

ですので、例えばこんな感じで割り当ててあげれば常に出力されると思いますが、いかがでしょう？

theMic = Microphone.get();

this.attachAudio(theMic); //ここで割り当て

this.onEnterFrame = function(){
trace(theMic.activityLevel);
}