では、問題は基準点の位置合わせが、意図したとおりの結果にならないということですね。

読込み元ターゲットMovieClipの基準点が、左上に設定してありますか? でしたら、その基準点が読込んだSWFのステージ左上に一致するはずです。もしそうならないということでしたら、そのファイル(外部SWFを含む)の.fla(ソース)ファイルをアップしていただくのが早いと思います。
引用：

アクションは、(1)キーフレームと(2)シンボルのインスタンスの2種類の場所に記述することができます。前者をフレームアクション、後者は設定するインスタンスの種類によって(a)MovieClipアクション(あるいはクリップアクションという人もいます)、(b)Buttonアクションと呼ばれます(グラフィックインスタンスには、スクリプトが設定できません)。インスタンスに設定するアクションには、必ず(onやonClipEventといった)イベントハンドラアクションを記述しなければなりません。
引用：
「読込み元」ですね。

サーバーに上げた場合には、MovieClip.loadMovieメソッドを実行した直後では、すべてのフレームが読込まれているとはかぎりません。MovieClip.gotoAndStopメソッドに存在しない(読込まれていない)フレームを指定すると、ActionScriptは黙殺します。

これを避けるためには、ムービーの読込み待ちの処理を加える必要があります。しかし、読込みを待っている間に、取りあえず第1フレームは表示されてしまうことになります。第1フレームを出さずにいきなり指定フレームを表示したいという場合には、ターゲットMovieClipを一旦ステージ外に避けておき、読込みが済んでから戻すという処理が必要になります。

初心者には少しやっかいな処理ですが、[MovieClip.loadMovieで外部ファイルを読込む]に解説とサンプルを上げてありますので、ご参照ください。
引用：

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