えー大して役に立つこと言えなさそうですが、レス付きにくそうだったので
とりあえず、とりあえずですもっと詳しい方のレスが付くの期待してね


まず一般的なお話ですが、自分も全然詳しくないんですが動画ファイルの方は映像コーデックだの音声コーデックだの面倒なので、
特定の動画ファイルの扱いが上手く行かない時は、大抵そういうの考えないでも良いような初心者用っぽいツール使って、一度フォーマット変えちゃいます。
http://www.nchsoftware.com/prism/jp/
非商用ならこんなのとか。探せばいっぱい見付かるんじゃないかな。
で力技ですが使い慣れた無難そうな形式に最高画質で変換して、その後adobeのエンコーダーでflvにします。どうせ最終的なサイズは変わらないし。
根本的な解決になってませんが、どうにかなりそうな気がします。

もう一つ自分に考え付くのは、Video Encoderは確かCS3までで廃止されてMedia Encoderに統一されてるので、
案外そっちに変えてみたら上手く行ったりするんじゃないでしょうか。
Media EncoderCCならば、adobeのアカウント作ってログインして、
flash含め映像系のツールの体験版ダウンロードすればオマケでくっついて来たような気がしますし単体でもDL出来たかな？
もしかしたら体験版の方の期限が切れてもMedia Encoderは使い続けられるんじゃって気も…いや規約も何も確認してないので適当ですが。
まあ少なくとも一ヶ月は使えると思いますんで、試すだけ試してみては。

どっちもんな事とっくに考え付いてるわって話でしたらすんませんねほんと

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