MX 2004でも類似の問題が再現できたので、報告します。Flash MX 2004 Professional/MacOS X & Windows XPで確認しました。

[1]MovieClipに、フレームアクションを記述します。たとえば、つぎのとおりです。

[2].flaムービーを保存し、念のため閉じてから、改めて開きます。
[3][1]のシンボルを編集状態にして、[アクション]パネルでフレームアクションを表示したら、[スクリプトの固定]ボタンをクリックします。
[4]タイムラインをメイン(シーン1)に戻します。
[5][アクション]パネルに表示されているMovieClipのフレームアクションを変更します。たとえば、つぎのとおりです。

[6].flaファイルを[保存]([名前を付けて保存]でもOK)して、閉じます。
[7]再度.flaファイルを開くと、スクリプトの編集が反映されていません。

ただし、[保存して最適化]を行えば、変更は反映されました。

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