それは、Flash MX/Windowsのバグだと思われます。以前知合いが発見して、Macromediaさんからバグとして確認を受けました。試したところ、r25.1では再現し、MX 2004では解消していました。
引用：
再現方法は以下のとおりです。

[1]MovieClipに、フレームアクションを記述します。たとえば、つぎのとおりです。

[2].flaムービーを保存し、念のため閉じてから、改めて開きます。
[3]メインのタイムラインが表示された状態で、[ムービーエクスプローラ]を開き、[シンボル定義]で[1]のスクリプトのステートメントをダブルクリックして、[アクション]パネルを開きます(スクリプトの矢印アイコンは、ダブルクリックしないでください)。[タイムライン]はメイン(シーン1)が表示されたまま、[アクション]パネルでMovieClipのフレームアクションが編集可能になります。
[4]フレームアクションを変更します。たとえば、つぎのとおりです。

[5].flaファイルを[保存]([名前を付けて保存]でもOK)して、閉じます。
[6]再度.flaファイルを開くと、スクリプトの編集が反映されていません。

引用：

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