いつもＲＯＭばかりしておりますhachaと申します。
似たような現象に遭遇した事がありますので、参考までに報告いたします。

環境：WinXP(SP1),FlashMX

現象：私の場合、現象の再現に法則がありました。
●ムービーエクスプローラーから、ＭＣ内のアクションスクリプトを選択して、スクリプトを編集すると、.flaに保存されませんでした。

※ムービーエクスプローラーから、対象ＭＣをダブルクリックして開き、その中でフレームなりボタンなりを直接選択して編集する分には、巻き戻り現象は発生しませんでした。
※全てのファイルではなく、ごく一部の特定ファイルでのみ発生しました。
※問題が発生したファイルを別名で保存などしても現象は改善されません。
※どのような条件で問題が再現するファイルとなるかは不明です。
※再現するファイル＆手順で編集しパブリッシュすると、swfには変更が適用されているため、.flaへの保存時だけ失敗してるようです。

ちなみに、Flashの再インストールを行っても、現象は改善されませんでした。
環境が用意できないため、問題が発生するファイルを別ＰＣで作業しても同じ現象が発生するかどうかは未検証です。