ご返信ありがとうございます。

まず環境ですが、Win2000のMX2004でのみ確認しております。
Mac版のMX2004は所持しておりませんので、こちらは未確認です。

スクリプトですが、FLAファイル内に直接記述しているもので、外部ASファイルにはしておりません。

流れの例としては以下のような感じです。

・A、B、Cという3つのMCがあると仮定し、それぞれ順番に内部のスクリプトに変更を加えます。
・その時に、各MCの変更作業が終了した時に1度保存。
・全ての作業を終え保存したのちにFLashを終了させ、再度起動してから先程のファイルを開きます。
・A及びC内のスクリプトは正常に保存されているが、2番目に変更を加えたはずのB内のスクリプトの変更内容が消失し、前々回の内容となっている。

最後に保存した内容が消失するのではない為、消失理由がまったく分かりません。
また発生場所も決まったものはなく、FLASH起動時から終了時までの間に作業した内容のいづれかが消失します。

私は保存時には同時にパブリッシュもするのですが、そちらでは前回作業時の内容が正しくパブリッシュされておりますので、CTRL+Z等の「やり直し」で巻き戻ったのではないと思います。

こちらでも症状の原因の特定がまったくできず、こちらに投稿させて頂きました。
何か情報をお持ちの方がいたら、ぜひとも教えて頂きたいです。
よろしくお願い致します。