ja5hysさんは書きました：
あれからいろいろテストして見ましたが、ムービー書き出しの際に
書き出しを停止の設定を「最後のフレームに達した場合」にしていたのですが、「停止までの経過時間」で時間を設定したところflv、mp3含めた状態で書き出すことができました。

Flashのタイムラインが空っぽなので「最後のフレームに達した場合」の設定だと読み取ることができないのかもしれません。