GIFはswfの中に独自形式(DefineBitsLossless)に変換されて保持されてます、
なので違うGIFに置き換えるためには同じ変換をそのGIFにかけたあと置き換える必要があります。
しかし、変換仕様に下記サイトなどを参考にして、SWFに埋め込んである画像文字列データをxml化したデータを確認し、同様の変換文字列が作成できるか、
逆に文字列データから画像データに戻してみようとしてみたり、試行錯誤してみたのですが、力及ばず。。。できませんでした。
環境は、PHPは5.2.2、swfmillのバージョンは、0.2.12になります。
※テキスト、JPG画像の置換は問題なくできました。

▼主に参考にさせて頂いたサイトになります。
http://blog.ps-ax.info/2010/05/swfmill%E3%81%A7gif%E3%81%AE%E7%BD%AE%E3%81%8D%E6%8F%9B%E3%81%88/

http://q.hatena.ne.jp/1267196042

http://blog.ville.jp/2010/03/04/168

http://pwiki.awm.jp/~yoya/?Flash/SWF/format/Lossless

何かご存知の方がいましたら、アドバイスなど頂けましたら非常に助かります。
お忙しいところお手数お掛けしますが、よろしくお願いいたします。