配置しているMovieClipのDepthをswapDepthsで変更して、
そこから数フレーム先に進み、
進んだ先からgotoAndPlay等で前のフレームに遡ると、
swapDepthsで変更したMovieClipがマイナス値になっています。

なお、duplicateMovieClipで複製したMovieClipについては、
タイムラインを遡っても深度は変わりません。

こういう仕様だと思ってあきらめるべきでしょうか。