あー、ひょっとしてお使いのマシン、16bitカラーで使われているのではないでしょうか？うちで確認したところ、24bitだと問題がなく、16bit表示だと、一瞬「ぶわっ」となりますね。
これはFlashプレイヤーが16bit表示の時に、アルファ0％を完全に透明にできないため、透明なMCにloadした瞬間、空っぽのMCが一瞬表示されているため起きるのだと思われます。（下のレイヤーをガイドにして、背景をグレーにすると完全透明になっていないのがわかると思います）
対処方法ですが、まず0％になったコマで、スクリプトでmc2._visible = falseとして不可視にしてしまいます。
通常はこれで問題ないのですが、この不可視mcにloadMovieした時点で、visibleがtrueにリセットされてしまいますので、loadの直後のフレームでもいちどmc2._visible = falseとすると大丈夫っぽいです
また、このリセット現象を回避するために、ターゲットを２重構造（mc2の中に、別のmcを置いて、そちらにloadMovieさせる。visibleはmc２の方を制御する）にするという方法もあります。

あ、あと投稿タイトルはもうちょっと具体的にしてもらうといいかもですよ

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まつむらまきお
http://www.makion.net

レイヤー順番　上レイヤー2　下レイヤー1
レイヤー1にloadMovieで1.jpgを読み込み
レイヤー2にloadMovieで2.jpgを読み込み
レイヤー2のアルファを0%
レイヤー2にloadMovieで1.jpgを読み込み

レイヤー1の画像が揺れます。
なぜ？回避策はないでしょうか？
レイヤー2はアルファ0%で見えなくしていますが、
後で、使用するため、この位置でloadMovieしたいのですが．．．

サンプルfla