MovieClip.stop()メソッドは、再生ヘッドの進行を止めます。しかし、スクリーンの再描画(描画の更新)を停止する訳ではありません(モーショントゥイーンを作成したMovieClipが配置されていれば、アニメーションは行われるはずです)。

また、ifステートメント自体は、elseがないかぎり、偽の場合には何の処理も行いません。
引用：
MovieClip.onEnterFrameイベントハンドラメソッドか、onClipEvent (enterFrame)イベントハンドラアクションについては、お調べになりましたか?

参考:「ムービークリップの途中から再生」
Flash ActionScript Helper「ムービークリップのイベントハンドラ」

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偽の場合、再度読み込みが完了したかどうかの判定を行わなければ
ならないとばかり思っていたのですが、this.stop()でムービーの
進行を止めているから、偽の場合は再度if文の条件式が評価される
という事でしょうか？

読込みが完了していないのですから、行うべき処理はないように思います。
引用：
「スルーされてしま」います。
引用：
結局、先にご紹介したスレッドの内容を、理解される必要があるということでしょう。
「読み込まれる度に違うムービーを再生したい」より引用：

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返信ありがとうございます。

この場合、ifの評価式が偽の場合の処理は必要ないのでしょうか？
偽の場合、そのままスルーされてしまうような気がします。

まず、2フレーム目を削除

Math.random() ではなく、Random() を用いる理由がないのであれば、
_root 第1フレームに
などで、いかがでしょう？

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質問する際は、回答者に具体的な情報を与えてください。

以前このフォーラムで以下の質問をした者です。

■読み込まれる度に違うムービーを再生したい

当時教えていただいた方法にて上手くいったと思っていたのですが、
たまに表示されない状態がある事に気がつきました。おそらく
swfのロードが間に合っていないのではなかろうかと思いますが・・・。

現在のflaファイルは以下のようになっています。
・総フレーム数：9
・1フレーム目は空白
・2フレーム目に以下のアクションを記述
　gotoAndstop( Random(7) + 3 );
・3?9フレームには、1?7.swfというファイル名のムービー
　クリップを入れている。

「ロードが間に合っていない場合は読み込み完了まで待って表示
する」みたいな方法はないものでしょうか？

どなたかご教授下さると幸いです。