Macromediaさん側でもこの問題を認識し、つぎのアップデートで修正予定とのことです。
引用：
同様の問題が、米国Flash Support Forumで議論されていました。
引用：

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私の環境では、MacOS X.3.3 & .2.8/Windows XP (SP1)で100%再現されます。MXのバグとも共通するのは、[タイムライン]はメイン(シーン1)を表示しながら、([スクリプトの固定]を設定した)ムービークリップシンボルのフレームアクションを編集するということです。そのまま[保存](または[名前を付けて保存])すると、その編集結果が反映されません。
引用：

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ありがとうございます。

野中さんの方法で試してみましたが、3/10くらいの確率で保存されていませんでした。
どうも、メインのタイムラインに戻した後のステージ・タイムライン上でのフォーカス移動後におかしくなるような気がしているのですが、はっきりとした原因の流れは掴めていません。

現状での対処法としては「スクリプトの固定」の仕様を避けるくらいしかなさそうですね・・・。

もう少し調べて何か分かりましたらご報告致します。

Flash MX 2004 Professional 1.0
Win XP SP1
ボクの環境では再現できませんでした…
なんでだろ…

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nao [seto@graffiti-web.org]

情報ありがとうございます。
MX/Winでは既知のバグだったのですね。

特定のファイルだけで発生するものと思っていたら、どんなファイルでも手順が同じなら、現象が再現するのですね。
この点、勘違いしていたので、助かりました。
ありがとうございます

MX 2004でも類似の問題が再現できたので、報告します。Flash MX 2004 Professional/MacOS X & Windows XPで確認しました。

[1]MovieClipに、フレームアクションを記述します。たとえば、つぎのとおりです。

[2].flaムービーを保存し、念のため閉じてから、改めて開きます。
[3][1]のシンボルを編集状態にして、[アクション]パネルでフレームアクションを表示したら、[スクリプトの固定]ボタンをクリックします。
[4]タイムラインをメイン(シーン1)に戻します。
[5][アクション]パネルに表示されているMovieClipのフレームアクションを変更します。たとえば、つぎのとおりです。

[6].flaファイルを[保存]([名前を付けて保存]でもOK)して、閉じます。
[7]再度.flaファイルを開くと、スクリプトの編集が反映されていません。

ただし、[保存して最適化]を行えば、変更は反映されました。

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それは、Flash MX/Windowsのバグだと思われます。以前知合いが発見して、Macromediaさんからバグとして確認を受けました。試したところ、r25.1では再現し、MX 2004では解消していました。
引用：
再現方法は以下のとおりです。

[1]MovieClipに、フレームアクションを記述します。たとえば、つぎのとおりです。

[2].flaムービーを保存し、念のため閉じてから、改めて開きます。
[3]メインのタイムラインが表示された状態で、[ムービーエクスプローラ]を開き、[シンボル定義]で[1]のスクリプトのステートメントをダブルクリックして、[アクション]パネルを開きます(スクリプトの矢印アイコンは、ダブルクリックしないでください)。[タイムライン]はメイン(シーン1)が表示されたまま、[アクション]パネルでMovieClipのフレームアクションが編集可能になります。
[4]フレームアクションを変更します。たとえば、つぎのとおりです。

[5].flaファイルを[保存]([名前を付けて保存]でもOK)して、閉じます。
[6]再度.flaファイルを開くと、スクリプトの編集が反映されていません。

引用：

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問題の現象を再現できるファイルを用意できましたので、アップしておきます。
再現用ＦＬＡファイル(FlashMX形式)

このファイルは、問題が発生したファイルから、全ての内容を削除したものです。
（再現するための簡単な手順説明をファイル内に追加しました）

どのようにしたら、問題が発生するファイルを作れるかについては、依然不明です。

よろしければ、他の方の環境でも問題が再現するかどうか確認していただけますでしょうか？
よろしくお願いします。

いつもＲＯＭばかりしておりますhachaと申します。
似たような現象に遭遇した事がありますので、参考までに報告いたします。

環境：WinXP(SP1),FlashMX

現象：私の場合、現象の再現に法則がありました。
●ムービーエクスプローラーから、ＭＣ内のアクションスクリプトを選択して、スクリプトを編集すると、.flaに保存されませんでした。

※ムービーエクスプローラーから、対象ＭＣをダブルクリックして開き、その中でフレームなりボタンなりを直接選択して編集する分には、巻き戻り現象は発生しませんでした。
※全てのファイルではなく、ごく一部の特定ファイルでのみ発生しました。
※問題が発生したファイルを別名で保存などしても現象は改善されません。
※どのような条件で問題が再現するファイルとなるかは不明です。
※再現するファイル＆手順で編集しパブリッシュすると、swfには変更が適用されているため、.flaへの保存時だけ失敗してるようです。

ちなみに、Flashの再インストールを行っても、現象は改善されませんでした。
環境が用意できないため、問題が発生するファイルを別ＰＣで作業しても同じ現象が発生するかどうかは未検証です。

ご返信ありがとうございます。

まず環境ですが、Win2000のMX2004でのみ確認しております。
Mac版のMX2004は所持しておりませんので、こちらは未確認です。

スクリプトですが、FLAファイル内に直接記述しているもので、外部ASファイルにはしておりません。

流れの例としては以下のような感じです。

・A、B、Cという3つのMCがあると仮定し、それぞれ順番に内部のスクリプトに変更を加えます。
・その時に、各MCの変更作業が終了した時に1度保存。
・全ての作業を終え保存したのちにFLashを終了させ、再度起動してから先程のファイルを開きます。
・A及びC内のスクリプトは正常に保存されているが、2番目に変更を加えたはずのB内のスクリプトの変更内容が消失し、前々回の内容となっている。

最後に保存した内容が消失するのではない為、消失理由がまったく分かりません。
また発生場所も決まったものはなく、FLASH起動時から終了時までの間に作業した内容のいづれかが消失します。

私は保存時には同時にパブリッシュもするのですが、そちらでは前回作業時の内容が正しくパブリッシュされておりますので、CTRL+Z等の「やり直し」で巻き戻ったのではないと思います。

こちらでも症状の原因の特定がまったくできず、こちらに投稿させて頂きました。
何か情報をお持ちの方がいたら、ぜひとも教えて頂きたいです。
よろしくお願い致します。