//ドラッグ対象のオブジェクト
var mc:MovieClip = [適当なムービークリップとします]:
// ドラック対象のムービークリップが押された
mc.addEventListener(MouseEvent.MOUSE_DOWN, MouseDown);
// ドロップ後のイベント
mc.addEventListener(NativeDragEvent.NATIVE_DRAG_COMPLETE, DragComp);

function(e:MouseEvent){

// ドラッグ&ドロップするデータを作成
// 変数fileはテンポラリディレクトリに生成されたファイル情報とします。
var transfer:Clipboard= new Clipboard();
transfer.setData(ClipboardFormats.FILE_LIST_FORMAT, [file]);

// ファイル移動する設定にします
var ndo:NativeDragOptions = new NativeDragOptions();
ndo.allowMove = true;
ndo.allowLink = false;
ndo.allowCopy = false;
// ドラッグを開始
NativeDragManager.doDrag(mc, transfer, [BitmapData], [Point], ndo);
}

function DragComp(e:NativeDragEvent){
var files:Array = event.clipboard.getData(ClipboardFormats.FILE_LIST_FORMAT) as Array;

for each (var file:File in files) {
// この時、ファイル移動が成功しているにも関わらずパスが移動前の物になっています。
trace(file.nativePath);
}

}