swfを二つ使って、小さいswfをクリックすると、
フルウィンドウで別のswfが開くものを作っています。
ウインドウズでは何も問題がないのですが、
MACで見ると動作がかなり遅くなります。
原因として考えられるのはwmode= "transparent"で、
この記述をなくすと動作が通常通りになります。
どなたか解決方法教えていただけないでしょうか？

その動作の違いは「バグ」なんですか？wmodeを設定した場合の動作は、ブラウザに依存し、当然OSによっても変わると思います。
引用：

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確かに、バグでないのかもしれませんが、
macだとsafariやfirefoxでも同じ現象がおきます。
また、swf同士をhtmlのレイヤーで重ねなければ、
少し速くなります。
この件に関しては解決方法がないと考えて言いでしょうか？

先の回答でリンクしたスレッドをお読みになりましたか？ちなみに、John Dowdell氏は、Adobeの方です。

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