初めての投稿です。宜しくお願いします。
シーン１、シーン２の２つのシーンを作成して、最初のシーンにスタートボタンを配置し、そのスタートボタンを押すとシーン１、シーン２の順に再生されます。シーン１とシーン２の切り替わるところにフェードアウト・フェードインを入れたかったので、各レイヤーでアルファ制御しましたが、もっと簡単にフェードをかける方法ありますでしょうか？

お持ちのバージョンがFlash MX 2004 Professionalであれば、スライドプレゼンテーションという機能があります。
シーンごとにスライドに分け、その切り替わりをビヘイビアウィンドウから簡単にトランジションを追加できます。フェードイン・アウト以外にもいろいろな表現が備わっていますので、それらを使うのも一つの手ではないでしょうか。

ご返答ありがとうございます。残念ながら自分のバージョンはProfessionalではありませんでした。他に方法ありますでしょうか？

自己スレです。
最初の１フレーム目をコピーして新規シンボルへペーストし、そのシンボルを頭へ配置し、右クリックメニューの「タイムラインエフェクト」の「トラジション」中のフェード機能を使うと簡単にフェード効果がかけられました。