CF6.1とRemoting＋FlashMX2004Proを使用して
cfcに定義してあるtestFunction(引数2つ)という関数は呼ぶことができました。

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＃動いたスクリプト：タイムライン上に記述
NetServices.setDefaultGatewayURL("http://localhost/flashservices/gateway")
gatewayConnection = NetServices.createGatewayConnection();
testService = gatewayConnection.getService("testService",this);

testService.testFunction(param1,param2);
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ここで、引数を可変にしたいと思い
testService.testFunction.apply(testService,引数配列);
としてみたのですが、動作しません。
Remotingを使用した通信でapplyは使えるのでしょうか？

Function.apply()は、Functionクラスのメソッドです。適用する関数が、Functionクラスに属する(Functionクラスを継承している)必要があります。

ColdFusionの.cfcに定義された関数は、ActionScriptの関数ではなく、したがってFunctionクラスのメソッドを使用することができません。これは、Buttonインスタンスに対してMovieClipのメソッドが使用できないのと同じことです(たとえば、my_btn.swapDepths();というステートメントは、無視されます)。
引用：
なお、ActionScript上の関数であっても、Function.apply()メソッドの使用できないものがあるという話題が、Flashcodersでちょうどもちあがっています。その一部は、グローバル(独立の)関数で、クラスに属さないものです。

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引用：

野中さんありがとうございました。

testService.testFunction(配列);
でこの件は解決したいと思います。