いつもお世話になっています。
参考になれば嬉しいと思い投稿させていただきます

MicrosoftUpdateの4月11日予定自動更新(KB912945)でIE6の動作が変わるそうです。
Flash等のEMBED、 OBJECT要素によって読み込まれた
コントロールを組み込んだページを表示すると、
ユーザ操作を促すポップアップを表示を表示したり、
クリック操作を促したりすることになるようです。
私はクライアントに対応を求められ、HTMLを修正しました

Internet Explorer の変更に関する開発者向け情報

ActiveX コントロールのアクティブ化


以上、ご参考に。